隐藏关卡通常分布在主线关卡之间的特定位置，需要玩家仔细观察场景细节才能发现。这些关卡往往以发光的星星、特殊建筑或可交互道具作为入口标识，例如工厂区域的机器制造厂和原材料仓库附近就设计了需要通过跳跃或挖掘技能触发的隐藏挑战。隐藏关卡的解锁方式多样，可能要求完成前置任务、收集特殊物品或达成特定操作顺序，探索过程中需留意环境中的异常元素。
集市区域的隐藏关卡通常隐藏在入口、中央广场或花园等场景的角落，需要通过点击特定道具或按顺序触发机关才能开启。例如部分隐藏关卡要求玩家完成支线任务后，在小巷或花园中寻找隐藏的通道。部分活动类隐藏关卡（如卧虎藏波）需要每天探索地图上的元素点，通过点击元宝或糖葫芦等图标触发带老虎头的特殊关卡入口，这类关卡通常具有更高的难度和独特奖励机制。
工厂主题的隐藏关卡通常分布在常规关卡之间的过渡区域，例如第9关至第13关之间的水塔建筑、第16关右侧的屋顶或第40关通关后的特殊建筑。玩家需点击这些位置的发光星星或特定结构进入挑战。工厂隐藏关卡的设计注重操作技巧与策略结合，部分关卡需要利用制造机器人或运输土壤等特殊技能才能通过障碍区域。
游乐场和海底地图的隐藏关卡往往与场景机制深度绑定。游乐场的心形地图需优先清除障碍物寻找隐形炮塔，而海底关卡则可能要求保护特定建筑或消灭指定敌人来触发隐藏任务。这类关卡强调对地图元素的全面探索，例如利用冰锥炮塔清除障碍或通过忍者镖的溅射效果解锁隐藏区域，玩家需要综合运用炮塔特性与环境互动。
