玩家可以捕捉多种神兽，包括经典的火焰鸟、闪电鸟、急冻鸟以及超梦等。这些神兽分布在游戏的不同区域，需要通过特定的方式才能遇到并捕捉。火焰鸟位于1号岛的灯火山顶，闪电鸟藏在无人发电厂最深处，而急冻鸟则需要前往双子岛推石头堵住瀑布才能见到。超梦则躲藏在华蓝洞窟最底层，需要携带会冲浪和攀瀑技能的宝可梦才能到达。
建议将神兽的血量压制到红色状态，并尽可能使其陷入睡眠或冰冻等异常状态，这样可以大幅提高捕捉成功率。闪电鸟所无人发电厂迷宫较为复杂，沿着左墙一直走可以快速到达深处。火焰鸟由于是火系和飞行系，建议携带水系或岩石系宝可梦应对。急冻鸟则需要用石头阻挡瀑布，具体推石顺序需按照游戏内提示操作。
除了三圣鸟和超梦，火红版本中还有其他隐藏神兽可供捕捉。例如在彩虹岛完成拼图后可以遇到30级的迪奥西斯，它是超能力系神兽，建议携带恶系宝可梦应对。水君则会在打败四大天王后随机出现在关东地区的草丛中。部分版本中还能在华蓝洞窟遇到冰神柱，或在特定岛屿找到钢神柱等稀有神兽。对于想要全面收集神兽的玩家，建议提前准备好足够的精灵球和状态恢复道具。大师球虽然能确保百分百捕捉成功率，但数量有限需要谨慎使用。
