实验室主要分布在几个关键地点，其中最重要的是大木博士的研究所和红莲岛的宝可梦实验室。大木博士的研究所位于纯白镇（即真新镇），玩家游戏初期就需要前往这里领取初始宝可梦和图鉴。纯白镇的地图较为简单，研究所是镇上最显眼的建筑之一，靠近主角的家。进入研究所后，与大木博士对话即可触发剧情，获得初始宝可梦并开始冒险。
红莲岛的宝可梦实验室是另一个重要的科研场所，主要用于复活化石宝可梦。玩家需要在月见山获得化石后，将其带到红莲岛的实验室交给博士进行复活。红莲岛位于关都地区的东南部，需要乘船或使用冲浪技能抵达。实验室内部设有化石复活机器，博士会告知玩家需要等待一段时间才能完成复活过程，期间可以自由活动。
除了上述两个主要实验室外，游戏中的一些特殊地点也具备类似实验室的功能。双子岛的宝可梦研究中心与红莲岛实验室类似，但功能相对单一。彩虹市的游戏厅地下隐藏着火箭队的秘密基地，虽然并非正规实验室，但涉及宝可梦的改造实验，玩家在剧情中需要深入该区域解救被控制的宝可梦。
实验室的访问通常与主线剧情或特殊道具相关。红莲岛实验室的化石复活功能需要玩家先获得化石，而大木博士的研究所则在游戏初期强制访问。部分实验室的隐藏功能可能需要玩家完成特定任务或与NPC对话才能解锁，建议玩家在探索时仔细检查每个房间和对话选项。
