捕捉稀有宠物是游戏进程中的一项核心挑战，这些宝可梦通常隐藏在世界各地的特殊地点，需要玩家完成特定的剧情或解开环境谜题才能遇见。与广泛分布的常见宝可梦不同，传说中的宝可梦及某些特殊个体的出现位置具有唯一性和固定性，了解它们的精确分布是成功将其纳入队伍的第一步。
游戏内备受瞩目的传说宝可梦主要栖息于一些隐秘的洞穴或孤岛深处，急冻鸟位于双子岛最内部的区域，需要玩家通过推动岩石填堵洞穴中的水流通道方能抵达其所在；闪电鸟则栖身于无人发电站的底部；而火焰鸟等待于灯火山山顶的平台上。超梦作为另一只强大的传说宝可梦，它位于华蓝洞窟的最深处，玩家在通关后获得冲浪等秘传技才有能力进入该区域。梦幻的捕获方式更为特殊，它出现在红莲岛上的一座房屋内，玩家需要取得特定的钥匙才能开启房门与之相遇。
除了上述广为人知的传说宝可梦外，游戏中还存在其他稀有度极高的宝可梦。洛奇亚出现在三号岛的特定草丛中，而凤王则位于一号岛山顶下方的草丛内。幻之宝可梦雪拉比藏身于三号岛左侧的森林之中。像雷吉洛克、雷吉艾斯和雷吉斯奇鲁这三只传说的巨人，也分别有自己的藏身之所，它们通常位于一号岛、双子岛以及无人发电站附近的草丛里。
部分稀有但非传说类别的宝可梦也拥有固定的获取途径。乘龙作为珍贵的礼物由特定角色赠予玩家。卡比兽会以沉睡的状态阻挡在部分道路的关键位置，玩家需要获得宝可梦之笛将其唤醒并进行战斗。而迷你龙这类稀有宝可梦则可能出没于野生原野区的特定水域，需要使用合适的钓竿才有机会将其钓起。这些宝可梦虽非神兽，但其低出现概率或特殊获取方式同样构成了收集的难点。对于所有稀有宠物的捕捉，做好充分准备是至关重要的基础。在尝试接触目标前进行存档，可以为捕捉失败提供重新尝试的机会。确保携带足够数量的高级精灵球，例如超级球或高级球，能够显著提升捕捉成功率。
